Segundo a Constituição, cargo em comissão é o de livre nomeação e exoneração (art. 37, II), ou seja, pode inclusive ser ocupado por não concursados; já, a função de confiança é privativa de servidores concursados, ocupantes de cargo efetivo (art. 37, V).
Em um e outro caso, as atribuições se limitam à direção, chefia e assessoramento (art. 37, V, da CF).
Pois bem, o Supremo Tribunal Federal (STF), em decisão monocrática, entendeu que apenas servidores efetivos podem exercer o Controle Interno, vale dizer, não cabe aos comissionados ou com funções gratificadas participar daquela instância de controle.
Apesar de inexistir norma geral que detalhe as formas de ocupação dos cargos, bem como atribuições, garantias e prazos do Sistema de Controle Interno, malgrado esse vazio legal decidiu o ministro do STF com base nos princípios da impessoalidade, moralidade e eficiência (art. 37, da CF), posto que a efetividade daquele controle pode se comprometer pela confiança entre fiscalizado (prefeito, presidente da câmara etc.) e fiscalizador (controlador interno).
É bem isso o que se vê no Recurso Extraordinário 1.264.676, interposto pelo Ministério Público de Santa Catarina (MPSC) -https://www.audicommt.com.br/fotos_noticias/112.pdf