O SIS tem por finalidade controlar todo o atendimento ambulatorial de unidades e postos de saúde. Atende todas as normas e exigências do SUS, de acordo com a NOB-96 e as portarias que regulamentaram a tabela de procedimentos e suas definições, bem como as separações entre os procedimentos PAB e FAE. O controle pode ser feito através de várias UPS (unidades prestadora de serviço) interligadas a uma central. A integração com o CADSUS (Cartão Único de Saúde) permite que sejam importados todos os pacientes cadastrados no sistema do DATASUS.
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